Порожек стыковочный: Стыковочные пороги для пола — Огромный выбор

Стыковочные пороги для пола — Огромный выбор

Прежде
всего, порог, это лицо вашего дома, через него перешагивают гости,
которые приходят в ваш дом и ежедневно вы сами. Очень важно, какие
пороги, накладки и профиля будут использоваться в вашем доме или
квартире. От этого зависит не только внешний вид вашего интерьера, но и
насколько они будут мешаться вам под ногами, не будите ли вы о них
спотыкаться.

В наши
дни, делая ремонт своего жилища, большинство строителей, при монтаже
предлагаю хозяевам дома уложить напольное покрытие без единого стыка.
Такой способ укладки трудоемкий, но зато интерьер пола смотреться одним
единым полотном, межкомнатные пороги не бросаются в глаза и не мешаются
под ногами. Укладка напольного покрытия без единого стыка безопасна, в
случае если вы используете в качестве покрывающего материала линолеум,
керамическую плитку или ковровое покрытие, но если вы  укладываете
ламинат или паркетную доску, то технологический разрыв между комнатами
оставлять просто необходимо. Дело все в том, что покрытия из дерева
имеют свойства расширяться от перепада влажности и температуры. Поэтому,
если не сделать между помещениями технологический разрыв, то есть
вероятность, что при сильной влажности воздуха, ваш пол вздуется одним
большим пузырем. И этот пузырь, как болячка на теле будет о себе
постоянно напоминать, вздуваться и пропадать. Не испытывайте судьбу,
делайте технологические зазоры между помещениями в случае использования
древесных покрытий.

Виды и типы межкомнатных напольных порогов

НАКЛАДНЫЕ НАПОЛЬНЫЕ ПОРОЖКИ

В
основном все пороги, которые применяются для пола, являются накладными.
За редким исключением мастерами используются порожки для плитки,
которые заделываются в плиточный клей. Чаще всего, накладной порожек
представляет собой пластину, уголок или Т — образную форму профиля,
выполненную из металла: алюминия, латуни, бронзы, нержавейки, титана,
меди или пластика. Такие профили выполняют функцию стыкоперекрывающих
порожков, то есть, закрывают щель, к примеру: между керамической плиткой
и ламинатом, линолеумом и ковролином и так далее. Накладным порожек
называют за то, что он накладывается на стык напольных покрытий, с целью
скрыть некрасивый шов.

ОДНОУРОВНЕВЫЕ или ПЛОСКИЕ ПОРОГИ

Обычно
имеют форму пластины, но бывают «Z» и «Т» — образной формы, такие
профили, используются исключительно с плиточными покрытиями. Пороги,
предназначены перекрывать стыки напольных покрытий на одном уровне и как
правило перепад в  один или более миллиметров для них критичен.
Поэтому, перед тем как купить порог, важно убедиться, что покрытия
расположены строго на одном. Если есть вертикальная разница в высоте, на
стыке одно и другого покрытия в один миллиметр и более, то вам нужен
разноуровневый порожек.

РАЗНОУРОВНЕВЫЕ, ПОРОГИ С ПЕРЕПАДОМ ИЛИ ДВУХУРОВНЕВЫЕ

К
переходным порогам можно смело отнести любые плоские пороги, ведь они
соединяют одно напольное покрытие с другим, к примеру, служат для
перехода с плитки на ламинат. Но чаще всего под словом переходной
порожек подразумевают профиля служащие для скрытия стыка между
напольными покрытиями расположенным на разном уровне. То есть порог
предназначен для скрытия разности высот. Такие порожки скрывают
незначительный перепад от 3 до 15 миллиметров. По форме они бывают
полукруглые или имеют вид развернутого угла.

УГОЛКИ ДЛЯ СТЕН ИЛИ ПОРОГИ НА СТУПЕНИ Г — ОБРАЗНОЙ ФОРМЫ

У
многих кто хоть раз сталкивался с отделкой ступеней, возникал вопрос,
как и чем, отделать внешний угол ступени. В наши дни для таких целей
существуют разные профиля, но самый надежный и проверенный временем, это
алюминиевый накладной порог. Во-первых, он бывает разных размеров,
самый маленький это 10х10 мм, а самый большой 50х50 мм. Во-вторых, края
таких уголков могут быть разной ширины, к примеру, 10х25 или 15х35. В
третьих, уголки на ступени могут иметь любой цвет, от классических
анодированных, под серебро, золото и бронзу, до имитации под  любой цвет
древесины. Металлические пороги под дерево, бывают двух видов,
ламинированные и крашенные, о них мы поговорим позже. Такое разнообразие
цветов, позволяет подобрать порожек в тон ступеней или напротив,
выделить его. Большинство уголков для ступеней имеют рифлёную или как
еще её называют, перфорированную поверхность, что обеспечивает
противоскользящие свойства. Рельефная поверхность порогов дает лучшее
сцепление с подошвой обуви, соответственно и лучшую устойчивость,
особенно во влажных помещениях или на мокрых ступенях. Для влажных
помещений, таких как: ванная комната, бассейн или на уличном пороге, где
при наледи на ступенях можно поскользнуться, используются порожки с
резиновой вставкой. Резина имеет хорошие противоскользящие свойства, что
обеспечивает высокую устойчивость даже при ходьбе босиком. Лестничные
пороги выполняются из прочного сплава алюминия, латуни, бронзы, реже из
пластика. Они устойчивы к воздействию, тяжелой обуви, каблуков, песка,
разности температур и абсолютно не боятся воздействия на них снега и
воды.  

Порог с противоскользящими насечками

Это
профиля для пола, выполненные из металла или пластика, но имеющие на
своей поверхности небольшие риски, канавки или рельеф. Такие углубления
на пороге, делаются, как противоскользящие для устойчивости человека, в
случае если он наступит на него, реже в декоративных целях. На профилях,
предназначенных для ступеней, перфорация обязательна, что бы, не
поскользнуться.

МЕТАЛЛИЧЕСКИЕ ПОРОГИ

Самый
распространённый материал, из которого производят пороги для пола, это
металл. В качестве сырья, для изготовления используют: алюминий, латунь,
сталь, нержавеющую сталь, реже бронзу. Метал для порогов, выбран
неспроста, ведь на порог, как и на весь пол, идет очень высокая
нагрузка, а учитывая, что он выступает над уровнем пола на несколько
миллиметров, он больше подвержен механическим воздействиям, чем вся
гладь напольного покрытия. Так же пороги располагаются между
помещениями, которые разграничивают две зоны, к примеру, комнаты и
коридора, профиля для соединения покрытий так и называют «межкомнатные
пороги», такие места более проходимые, а значит, больше подвержены
деформации. Метал в качестве материала для изготовления порогов,
является самым универсальным.

Все металлы, используемые в качестве
профилей на пороги или ступени, можно использовать не только в
помещениях, но и на улице. Алюминий, латунь, бронза, это устойчивые
металлы, как к механическим воздействиям, так и к природным. Это трудно
окисляемые материалы, а значит, они не будут ржаветь, и разваливаться
под ногами.

— Алюминиевые пороги

Алюминиевые пороги производят не из
чистого алюминия, это прочный сплав различных металлов, в большем
количестве которого присутствует алюминий. Порожки из такого материала
получаются очень легкие и прочные. Форма профиля, которую можно придать
алюминию, может быть любая. Таки профиля чаще остальных встречаются в
продаже, ведь цена их низкая, а срок службы их безграничен.

— Латунные пороги

Это прочные металлические пороги
ярко золотого цвета. Латунь относится к дорогим, ценным, цветным
металлам, но в разы дешевле золота. Красивый ярко желтый металлический
блеск часто используют для облицовочной отделки помещений, ведь он
хорошо имитирует золото. В наши дни материалы из латуни используются
повсеместно, из неё выполняется множество строительных материалов, к
примеру, клеммы для электропроводов, сантехнические изделия, так как
этот метал трудно окисляемый и устойчивый к воде, для изготовления перил
лестниц и для другого.

Золото всегда было предметом
роскоши, люди изготавливали из этого металла дорогостоящие изделия,
которые с годами становились антиквариатом. Золото всегда было не
доступным, дорогим материалом, из которого делали и продолжают делать
украшения. Только цари и вожди моли себе позволить использование золота в
качестве оправ для зеркал, картин им украшали люстры перила и ступени
лестниц. Теперь в качестве альтернативы золоту для отделки помещений
используют латунь. Этот метал, в точности копирует золото, но
значительно дешевле по цене.

— Стальные пороги

Это устойчивые к любым механическим
воздействиям металлические пороги. В чистом виде в продаже их встретить
невозможно, они всегда покрываются краской или анодируются. Плюсы
стального профиля в его устойчивости и прочности, минусы, они ржавеют.

— Бронзовые пороги

Такие порожки не встречаются в
свободной продаже, да и не каждому они по карману, ведь их изготавливают
под индивидуальный заказ, так как бронза, это дорогостоящий металл.
Зато легко можно купить пороги под бронзу, правда, сами они будут
выполнены из алюминия.

— Пороги из нержавеющей стали

Пороги из нержавеющей стали имеют
серебристый цвет с матовым или глянцевым покрытием. Толщина их сильно
отличается от алюминиевых или латунных порожков, она тоньше, и это
вполне оправдано, ведь нержавеющая сталь значительно прочнее алюминия
или латуни. Профиля из нержавеющей стали могут использоваться как для
пола, так и для отделки мебели или стен. Если у вас складское помещение,
где необходимо использовать только прочные материалы, то профиля из
нержавеющей стали будут для вас идеальным решением. Так же, хочется
отметить, что эти пороги можно использовать в помещениях, даже где
присутствует сильная влажность, они не ржавеют, не окисляются, и не
облезают даже при постоянной влажности. Их применение идеально походит
для таких помещений как: ванная комната, баня, душевая, бассейн, сырой
подвал и в других, где присутствует много воды или влажный воздух. Такие
пороги не требуют ухода, их не нужно натирать, что бы они блестели, их
сияние и металлический блеск сохраниться на протяжении всего срока
службы. Единственный минус этих профилей в том, что они производятся
только в серебристом цвете.

Покрытие металлических порогов

Пороги из металла покрываются
всегда, бывают исключения, когда заказчик требует сырые порожки, то есть
их поверхность ни как не обработана. Не покрытые ни чем профиля,
выглядят, как обычный блестящий серебристый метал. В основном
покрываются только два вида металлических профилей, выполненных из стали
и алюминия, очень редко можно встретить латунные порожки, анодированные
в серебристый, блестящий как зеркало цвет. Латунные пороги обычно не
чем не покрывают, ведь естественный цвет латуни, золотой, они и так
выглядят красиво, и смысла в их покрытии абсолютно нет. 

Обработка поверхности профилей
бывает несколькими способами, самый популярный: анодирование, далее
ламинирование и реже встречаются крашеные пороги, и совсем редко,
полированные или шлифованные.

— Анодированные

Это сложный способ покраски при
помощи пропускания электрического тока через воду c мельчайшими
частицами красящего вещества, в которой находится порог. Чаще всего
анодируются пороги в три цвета, золото, бронза и серебро.

— Ламинированные

В качестве основы ламинированного
профиля лежит тоже алюминий или иной метал, только его покрывают прочной
самоклеющейся пленкой, которая может имитировать натуральное дерево,
камень или другие природные материалы.

— Крашенные

В основе крашеных порогов может быть
алюминиевый или стальной профиль, который покрывают однотонной краской
или с имитацией под дерево.

— Шлифованные

Такой способ обработки применяют
обычно для профилей из нержавеющей стали, реже к алюминию. После такой
обработки, профиль приобретает матовую поверхность, ведь она имеет
множество небольших засечек похожих на царапины, что и придает ему,
привлекательный вид.

— Полированные

Такой способ обработки применяют к
любым металла, поэтому, в продаже встречаются полированные пороги из
латуни, нержавеющей стали, бронзы, алюминия и так далее. Поверхность
полированного профиля абсолютно гладкая, а внешний вид, своим ярким
блеском напоминает зеркало.

— Хромированное

Хромируют многие металлы, но в
случаи с порогами, таким покрытием покрывают только латунь.
Хромированное покрытие профилей очень устойчивое к царапинам, так же,
оно обладает высокой устойчивостью к коррозии. Покрытие полируют до
такого состояния, что бы в его зеркальной поверхности можно было увидеть
собственное отражение.

Часто, начиная поиск порогов для
пола, люди не могут разобраться, какой порог нужен и бегут за подробной
консультацией в магазин. Это верное решение, но современные технологии
позволяют решить такой вопрос, не выходя из дома. Зачем тратить столько
времени на поиски детали, которая стоит копейки в сравнении с общей
стоимостью ремонта, ведь есть интернет магазин Про-Клик, который
расскажет и объяснит, что вам нужно. Специалисты нашей компании, знают
всё, о самых современных профилях и порогах, мы специализируемся на этом
и постоянно повышаем квалификацию в этой области. Если вы изучили весь
сайт и так и не поняли, что вам нужно, звоните по телефону или пишите на
почту и задавайте свои вопросы, мы ответим на них! Не стоит тратить
уйму времени, бегая по магазинам в поисках нужного профиля, у нас вы
найдёте любое решение для дома, офиса, магазина, склада, и так далее.

ПОРОГИ ДЛЯ ЛАМИНАТА

С появлением многообразия напольных
покрытий, возникла необходимость скрывать стыки между ними, в этом нас
выручают порожки. Что бы стык выглядел опрятно, не выделялся на фоне
общего пола, к выбору нужного профиля, стоит подойти серьёзно. Для
создания едва заметного стыка, подумайте о приобретении необходимого
порога заблаговременно, до покупки напольного покрытия, ведь большинство
из нас сталкивается с этой проблемой уже по завершении укладки пола.

Порожки для ламината или перехода на
другие покрытия, используются одноуровневые, разноуровневые, а в случаи
отделки ступеней лестниц, угловые. Что бы профиль максимально был
замаскирован в цвет покрытия, используйте ламинированные или крашеные
пороги. Их покрытие в точности имитирует дерево или камень, что позволят
подобрать профиль точно в цвет ламината. Используя профиль повторяющий
рисунок ламината, вы гарантированно сделаете абсолютно незаметный стык.

Широкие пороги для пола, ламината, плитки, линолеума, ширина 80

Напольные
порожки стали производиться с появлением большого разнообразия
напольных покрытий, когда встала проблема, как соединить два разных
напольных покрытий между собой. С возникновение проблем разных стыков
появлялись все новые и новые разновидности профилей, в наши дни их
разнообразие просто не счесть. Очень востребованными в последнее время
стали широкие пороги.

Где используются широкие пороги?

С разнообразием напольных покрытий у
людей появилась возможность оформлять пол не стандартно, к классическим
примерам можно отнести оформление кухни, где обеденная зона покрыта
ламинатом, а зона приготовления еды плиткой, или прихожая выложена возле
входной двери плиткой, а остальная часть паркетной доской. Именно из-за
комбинации разных материалов приходится использовать вспомогательные
элементы, которые называются порогами. Плитку и ламинат невозможно
состыковать в едино, так как это совершенно различные по свойствам и
виду материалы, которые не стыкуются между собой. Для этих целей были
разработаны стыкоперекрывающие порожки. Укладывая напольные покрытия,
порой случаются казусы, мастер ошибся и допустил зазор между напольными
покрытиями больше, чем рассчитывал, к сожалению, людям свойственно
ошибаться и допускать промахи. Именно в таких случаях выручают широкие
порожки для пола. Некоторым наоборот нравятся широкие профиля, и их
используют в качестве межкомнатных порогов. Ширина дверной коробки
примерно соответствует ширине широких алюминиевых порожков, и на полу
профиль смотрится продолжением дверной конструкции..

Применение широких порогов для скрытия расширительных стыков.

Ламинатом или паркетной доской, можно
покрывать пространства не более 9,5 метров по длине, так как все
древесные покрытия имеют свойство расширяться и сужаться от перепада
влажности, для того, что бы покрытие ни деформировалось, необходим
расширительный зазор. Бывают исключения, к примеру, танцевальные залы,
бары или рестораны, где площади в разы больше бытовых помещений и
превышают длину 9,5 метров. В этом случаи просто необходимо оставлять
стык между одним и тем же покрытием. Стык расширительного зазора легко
перекроет любой широкий порожек.

Еще одно довольно популярное применение широких порогов. За счет того, что стык между покрытиями может достигать 80 – 90 мм широкие пороги для пола можно использовать для скрытия электро-кабелей.

Установка широких порогов.

Монтаж порожков бывает двух типов, первый это когда крепление скрыто, а второй на классические шурупы через отверстия в профиле.

1)      Скрытый монтаж широких
порогов. С нижней стороны профиля, которая будет вплотную примыкать к
полу и скрыта от человеческого глаза, есть небольшая рельса. В неё
шляпками вставляются металлические дюбель-гвозди. В отличие от шурупов,
они не вкручиваются, а забиваются. В стыке между покрытиями, на одной
прямой просверлите отверстия и вставьте в них пластиковые дюбеля. После
чего переверните порожек лицевой стороной наверх и вставьте
металлические дюбеля в отверстия в полу. Стучите резиновым молотком или
обычным молотком, к примеру, через брусок, до тех пор, пока порожек
плотно не зафиксируется. Порог установлен.

2)      Крепление широких порогов с отверстиями
очень простое, для этого понадобятся шурупы, которые чаще всего идут в
комплекте и отвертка. Нанесите разметку на полу через отверстия в
профиле. Просверлите пол на глубину пластикового дюбеля. Вставьте в
отверстия в полу пластиковые дюбеля. Положите порог на место установки.
Через отверстия зафиксируйте профиль шурупами.

Molecular Docking: Мощный подход к открытию лекарств на основе структуры

[1] Jorgensen WL. Многочисленные роли вычислений в открытии лекарств. Наука. 2004;303(5665):1813–1818. [PubMed] [Google Scholar]

[2] Баджорат Дж. Интеграция виртуального и высокопроизводительного скрининга. Nat Rev Drug Discov. 2002;1(11):882–894. [PubMed] [Google Scholar]

[3] Walters WP, Stahl MT, Murcko MA. Виртуальный скрининг — обзор. Препарат Дисков. Сегодня. 1998; 3: 160–178. [Академия Google]

[4] Лангер Т., Хоффманн Р.Д. Виртуальный скрининг: эффективный инструмент для выявления структуры потенциальных клиентов? Курр Фарм Дез. 2001;7(7):509–527. [PubMed] [Google Scholar]

[5] Kitchen DB, Decornez H, Furr JR, Bajorath J. Стыковка и оценка в виртуальном скрининге для обнаружения наркотиков: методы и приложения. Nat Rev Drug Discov. 2004;3(11):935–949. [PubMed] [Google Scholar]

[6] Gohlke H, Klebe G. Подходы к описанию и прогнозированию аффинности связывания низкомолекулярных лигандов с макромолекулярными рецепторами. Angew Chem Int Ed Engl. 2002;41(15):2644–2676. [PubMed] [Академия Google]

[7] Moitessier N, Englebienne P, Lee D, Lawandi J, Corbeil CR. На пути к разработке универсальных, быстрых и высокоточных методов стыковки/скоринга: долгий путь. Бр Дж. Фармакол. 2008; 153 (Приложение 1): S7–26. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]

[8] Shoichet BK, McGovern SL, Wei B, Irwin JJ. Хиты, лиды и артефакты виртуального и высокопроизводительного скрининга. 2002. Молекулярная информатика: противостояние сложности. [Google Scholar]

[9] Бэйли Д., Браун Д. Высокопроизводительная химия и структурный дизайн: выживает самый умный. Наркотиков Дисков сегодня. 2001;6(2):57–59.. [PubMed] [Google Scholar]

[10] Kuntz ID, Blaney JM, Oatley SJ, Langridge R, Ferrin TE. Геометрический подход к взаимодействиям макромолекула-лиганд. Дж Мол Биол. 1982;161(2):269–288. [PubMed] [Google Scholar]

[11] Гальперин И., Ма Б., Вольфсон Х., Нуссинов Р. Принципы стыковки: обзор алгоритмов поиска и руководство по скоринговым функциям. Белки. 2002;47(4):409–443. [PubMed] [Google Scholar]

[12] Coupez B, Lewis RA. Стыковка и подсчет очков — теоретически легко, практически невозможно? Курр Мед Хим. 2006;13(25):2995–3003. [PubMed] [Google Scholar]

[13] Контойанни М., Мадхав П., Суханек Э., Сейбел В. Теоретические и практические аспекты виртуального скрининга: проторенное поле? Курр Мед Хим. 2008;15(2):107–116. [PubMed] [Google Scholar]

[14] Brooijmans N, Kuntz ID. Алгоритмы молекулярного распознавания и докинга. Annu Rev Biophys Biomol Struct. 2003; 32: 335–373. [PubMed] [Google Scholar]

[15] тен Бринк Т., Экснер Т.Э. Влияние протонирования, таутомерных и стереоизомерных состояний на результаты докинга белок-лиганд. Модель J Chem Inf. 2009 г.;49(6):1535–1546. [PubMed] [Google Scholar]

[16] Cross JB, Thompson DC, Rai BK, Baber JC, Fan KY, Hu Y, Humblet C. Сравнение нескольких программ молекулярной стыковки: предсказание позы и точность виртуального скрининга. Модель J Chem Inf. 2009;49(6):1455–1474. [PubMed] [Google Scholar]

[17] Li X, Li Y, Cheng T, Liu Z, Wang R. Оценка эффективности четырех программ молекулярной стыковки на разнообразном наборе белково-лигандных комплексов. J Comput Chem. 2010;31(11):2109–2125. [PubMed] [Академия Google]

[18] Plewczynski D, Lazniewski M, Augustyniak R, Ginalski K. Можно ли доверять результатам докинга? Оценка семи часто используемых программ в базе данных PDBbind. J Comput Chem. 2010 doi: 10.1002/jcc.21643 [PubMed] [Google Scholar]

[19] McConkey BJ, Sobolev V, Edelman M. Эффективность современных методов стыковки лиганд-белок. Современная наука. 2002; 83: 845–855. [Google Scholar]

[20] Гудфорд П.Дж. Вычислительная процедура для определения энергетически выгодных мест связывания на биологически важных макромолекулах. J Med Chem. 1985;28(7):849–857. [PubMed] [Google Scholar]

[21] Kastenholz MA, Pastor M, Cruciani G, Haaksma EE, Fox T. GRID/CPCA: новый вычислительный инструмент для разработки селективных лигандов. J Med Chem. 2000;43(16):3033–3044. [PubMed] [Google Scholar]

[22] Левитт Д.Г., Банашак Л.Дж. POCKET: метод компьютерной графики для идентификации и отображения белковых полостей и окружающих их аминокислот. Дж Мол График. 1992;10(4):229–234. [PubMed] [Google Scholar]

[23] Ласковски Р.А. SURFNET: программа для визуализации молекулярных поверхностей, полостей и межмолекулярных взаимодействий. Дж Мол График. 1995;13(5):323–330. 307–328. [PubMed] [Google Scholar]

[24] Glaser F, Morris RJ, Najmanovich RJ, Laskowski RA, Thornton JM. Метод локализации карманов связывания лигандов в белковых структурах. Белки. 2006;62(2):479–488. [PubMed] [Google Scholar]

[25] Brady GP, Jr., Stouten PF. Быстрое прогнозирование и визуализация карманов связывания белка с помощью PASS. J Comput Aided Mol Des. 2000;14(4):383–401. [PubMed] [Google Scholar]

[26] Мезей М. Новый метод картирования макромолекулярной топографии. Графовая модель J-Mol. 2003;21(5):463–472. [PubMed] [Академия Google]

[27] Fischer E. Einfluss der configuration auf die wirkung derenzyme. Бер. Дт. хим. Гэс. 1894; 27: 2985–2993. [Google Scholar]

[28] Кошланд Д. Е. Младший. Корреляция структуры и функции в действии фермента. Наука. 1963; 142: 1533–1541. [PubMed] [Google Scholar]

[29] Hammes GG. Множественные конформационные изменения при ферментативном катализе. Биохимия. 2002;41(26):8221–8228. [PubMed] [Google Scholar]

[30] Rarey M, Kramer B, Lengauer T, Klebe G. Быстрый гибкий метод стыковки с использованием алгоритма пошагового построения. Дж Мол Биол. 1996;261(3):470–489. [PubMed] [Google Scholar]

[31] Morris GM, Goodsell DS, Halliday RS, Huey R, Hart WE, Belew RK, Olson AJ. Автоматическая стыковка с использованием генетического алгоритма Ламарка и эмпирической функции свободной энергии связывания. Журнал вычислительной химии. 1998;19(14):1639–1662. [Google Scholar]

[32] Джонс Дж., Уиллетт П., Глен Р.С., Лич А.Р., Тейлор Р. Разработка и проверка генетического алгоритма гибкой стыковки. Дж Мол Биол. 1997;267(3):727–748. [PubMed] [Академия Google]

[33] Фриснер Р.А., Бэнкс Дж.Л., Мерфи Р.Б., Халгрен Т.А., Кличич Дж.Дж., Майнц Д.Т., Репаски М.П., ​​Нолл Э.Х., Шелли М. , Перри Дж.К., Шоу Д.Е., Фрэнсис П., Шенкин П.С. Glide: новый подход к быстрой и точной стыковке и подсчету очков. 1 Способ и оценка точности стыковки. J Med Chem. 2004;47(7):1739–1749. [PubMed] [Google Scholar]

[34] McGann MR, Almond HR, Nicholls A, Grant JA, Brown FK. Гауссовы функции стыковки. Биополимеры. 2003;68(1):76–90. [PubMed] [Google Scholar]

[35] Perola E, Walters WP, Charifson PS. Подробное сравнение текущих методов стыковки и оценки систем, имеющих значение для фармацевтики. Белки. 2004; 56(2):235–249.. [PubMed] [Google Scholar]

[36] Шерман В., Дэй Т., Джейкобсон М.П., ​​Фриснер Р.А., Фарид Р. Новая процедура моделирования эффектов подгонки, индуцированных лигандом/рецептором. J Med Chem. 2006;49(2):534–553. [PubMed] [Google Scholar]

[37] Jiang F, Kim SH. «Мягкий докинг»: сопоставление кубов молекулярных поверхностей. Дж Мол Биол. 1991;219(1):79–102. [PubMed] [Google Scholar]

[38] Claussen H, Buning C, Rarey M, Lengauer T. FlexE: эффективный молекулярный докинг с учетом вариаций структуры белка. Дж Мол Биол. 2001; 308(2):377–39.5. [PubMed] [Google Scholar]

[39] Alonso H, Bliznyuk AA, Gready JE. Сочетание стыковки и молекулярно-динамического моделирования при разработке лекарств. Med Res Rev. 2006;26(5):531–568. [PubMed] [Google Scholar]

[40] Sander T, Liljefors T, Balle T. Прогнозирование конформации рецептора для связывания агониста iGluR2: стыковка QM/MM с обширным конформационным ансамблем, созданным с использованием анализа в нормальном режиме. Графовая модель J-Mol. 2008;26(8):1259–1268. [PubMed] [Google Scholar]

[41] Subramanian J, Sharma S, C BR. Новый компьютерный анализ индуцированных лигандом конформационных изменений в сайтах связывания АТФ циклинзависимых киназ. J Med Chem. 2006;49(18): 5434–5441. [PubMed] [Google Scholar]

[42] Subramanian J, Sharma S, C BR. Моделирование и выбор гибких белков для разработки лекарств на основе структуры: движение основной и боковой цепи в p38 MAPK. ХимМедХим. 2008;3(2):336–344. [PubMed] [Google Scholar]

[43] Бринт А. Т., Уиллетт П. Алгоритмы идентификации трехмерных максимальных общих подструктур. Дж. Хим. Инф. вычисл. науч. 1987; 27: 152–158. [Google Scholar]

[44] Фишер Д., Норел Р., Вольфсон Х., Нусинов Р. Поверхностные мотивы с помощью метода компьютерного зрения: поиск, обнаружение и последствия для распознавания белок-лиганд. Белки. 1993;16(3):278–292. [PubMed] [Google Scholar]

[45] Норел Р., Фишер Д., Вольфсон Х.Дж., Нуссинов Р. Распознавание молекулярной поверхности с помощью метода компьютерного зрения. Белок англ. 1994;7(1):39–46. [PubMed] [Google Scholar]

[46] Miller MD, Kearsley SK, Underwood DJ, Sheridan RP. FLOG: система для выбора «квазигибких» лигандов, комплементарных рецептору известной трехмерной структуры. J Comput Aided Mol Des. 1994;8(2):153–174. [PubMed] [Google Scholar]

[47] Diller DJ, Merz KM, Jr. Высокопроизводительная стыковка для проектирования библиотек и определения приоритетов библиотек. Белки. 2001;43(2):113–124. [PubMed] [Академия Google]

[48] Буркхард П. , Тейлор П., Уолкиншоу, доктор медицины. Пример белкового лиганда, найденного в результате анализа базы данных: описание метода докинга и его проверка с помощью рентгенограммы 2,3 А структуры комплекса тромбин-лиганд. Дж Мол Биол. 1998;277(2):449–466. [PubMed] [Google Scholar]

[49] DesJarlais RL, Sheridan RP, Dixon JS, Kuntz ID, Venkataraghavan R. Стыковка гибких лигандов с макромолекулярными рецепторами по молекулярной форме. J Med Chem. 1986;29(11):2149–2153. [PubMed] [Академия Google]

[50] Кунц И.Д., Лич А.Р. Конформационный анализ гибких лигандов в сайтах макромолекулярных рецепторов. Дж. Вычисл. хим. 1992; 13: 730–748. [Google Scholar]

[51] Ewing TJ, Makino S, Skillman AG, Kuntz ID. DOCK 4.0: стратегии поиска для автоматизированной молекулярной стыковки гибких баз данных молекул. J Comput Aided Mol Des. 2001;15(5):411–428. [PubMed] [Google Scholar]

[52] Welch W, Ruppert J, Jain AN. Hammerhead: быстрая, полностью автоматизированная стыковка гибких лигандов с сайтами связывания белков. хим. биол. 1996;3(6):449–462. [PubMed] [Google Scholar]

[53] Schnecke V, Kuhn LA. Виртуальный скрининг с сольватацией и лиганд-индуцированной комплементарностью. Перспективы открытия и разработки лекарств. 2000;20:171–190. [Google Scholar]

[54] Жолдос З., Рейд Д., Саймон А., Садджад Б.С., Джонсон А.П. eHiTS: инновационный подход к проблемам функции стыковки и подсчета очков. Curr Protein Pept Sci. 2006;7(5):421–435. [PubMed] [Google Scholar]

[55] Миранкер А., Карплюс М. Функциональные карты сайтов связывания: метод одновременного поиска нескольких копий. Белки. 1991;11(1):29–34. [PubMed] [Google Scholar]

[56] Eisen MB, Wiley DC, Karplus M, Hubbard RE. HOOK: программа для поиска новой молекулярной архитектуры, которая удовлетворяет химическим и стерическим требованиям сайта связывания макромолекулы. Белки. 1994;19(3):199–221. [PubMed] [Google Scholar]

[57] Bohm HJ. LUDI: основанный на правилах автоматический дизайн новых заместителей для ингибиторов ферментов. J Comput Aided Mol Des. 1992;6(6):593–606. [PubMed] [Google Scholar]

[58] Goodsell DS, Lauble H, Stout CD, Olson AJ. Автоматизированный докинг в кристаллографии: анализ субстратов аконитазы. Белки. 1993;17(1):1–10. [PubMed] [Google Scholar]

[59] Hart TN, Read RJ. Метод многозаходной стыковки Монте-Карло. Белки. 1992;13(3):206–222. [PubMed] [Google Scholar]

[60] Goodsell DS, Olson AJ. Автоматическая стыковка подложек с белками путем имитации отжига. Белки. 1990;8(3):195–202. [PubMed] [Google Scholar]

[61] Абагян Р., Тотров М., Кузнецов Д. ICM-Новый метод моделирования и дизайна белков: приложения для стыковки и прогнозирования структуры на основе искаженной нативной конформации. Дж. Вычисл. хим. 1994;15:488–506. [Google Scholar]

[62] McMartin C, Bohacek RS. QXP: мощные, быстрые компьютерные алгоритмы для разработки лекарств на основе структуры. J Comput Aided Mol Des. 1997;11(4):333–344. [PubMed] [Google Scholar]

[63]
Accelrys Inc., Сан-Диего, Калифорния, США.

[64] Оширо К.М., Кунц И.Д., Диксон Дж.С. Гибкая стыковка лигандов с использованием генетического алгоритма. J Comput Aided Mol Des. 1995;9(2):113–130. [PubMed] [Google Scholar]

[65] Verdonk ML, Cole JC, Hartshorn MJ, Murray CW, Taylor RD. Улучшенная стыковка белок-лиганд с использованием GOLD. Белки. 2003;52(4):609–623. [PubMed] [Google Scholar]

[66] Кларк К.П. Ajay, Гибкая стыковка лигандов без регулировки параметров в четырех комплексах лиганд-рецептор. J Comput Chem. 1995; 16:1210–1226. [Google Scholar]

[67] Taylor JS, Burnett RM. DARWIN: программа для стыковки гибких молекул. Белки. 2000;41(2):173–191. [PubMed] [Google Scholar]

[68] Cornell WD, Cieplak P, Bayly CI, Gould IR, Merz KM, Ferguson DM, Spellmeyer DC, Fox T, Caldwell JW, Kollman PA. Силовое поле второго поколения для моделирования белков, нуклеиновых кислот и органических молекул. Варенье. хим. соц. 1995;117:5179–5197. [Google Scholar]

[69] Weiner SJ, Kollman PA, Case DA, Singh UC, Ghio C, Alagona G, Profeta S, Jr. , Weiner P. Новое силовое поле для молекулярно-механического моделирования нуклеиновых кислот и белков. Варенье. хим. соц. 1984; 106: 765–784. [Google Scholar]

[70] Брукс Б.Р., Брукколери Р.Е., Олафсон Б.Д., Стейтс Д.Дж., Сваминатан С., Карплюс М. CHARMM: программа для расчета макромолекулярной энергии, минимизации и динамики. Дж. Вычисл. хим. 1983; 4: 187–217. [Академия Google]

[71] Коллман П.А. Расчеты свободной энергии: приложения к химическим и биохимическим явлениям. хим. 1993; 93: 2395–2417. [Google Scholar]

[72] Аквист Дж., Лужков В.Б., Брандсдал Б.О. Аффинность связывания лиганда из моделирования МД. Acc Chem Res. 2002;35(6):358–365. [PubMed] [Google Scholar]

[73] Carlson HA, Jorgensen WL. Метод расширенного линейного отклика для определения свободных энергий гидратации. J Phys Chem. 1995;99:10667–10673. [Google Scholar]

[74] Шойхет Б.К., Страуд Р.М., Санти Д.В., Кунц И.Д., Перри К.М. Основанное на структуре открытие ингибиторов тимидилатсинтазы. Наука. 1993;259(5100):1445–1450. [PubMed] [Google Scholar]

[75] Мишель Дж., Вердонк М.Л., Эссекс Дж.В. Прогнозирование сродства связывания белок-лиганд с помощью имплицитного моделирования растворителя: инструмент для оптимизации свинца? J Med Chem. 2006;49(25):7427–7439. [PubMed] [Google Scholar]

[76] Briggs JM, Marrone TJ, McCammon JA. Новые горизонты вычислительной науки и актуальность для фармацевтического дизайна. Тенденции Кардиовасц. Мед. 1996; 6: 198–206. [PubMed] [Google Scholar]

[77] Bohm HJ. Прогнозирование констант связывания белковых лигандов: быстрый метод приоритизации совпадений, полученных в результате проектирования de novo или программ поиска в базе данных 3D. J Comput Aided Mol Des. 1998;12(4):309–323. [PubMed] [Google Scholar]

[78] Гельхаар Д.К., Верховкер Г.М., Рейто П.А., Шерман С.Дж., Фогель Д.Б., Фогель Л.Дж., Фрир С.Т. Молекулярное распознавание ингибитора AG-1343 протеазой ВИЧ-1: конформационно гибкая стыковка путем эволюционного программирования. хим. биол. 1995;2(5):317–324. [PubMed] [Google Scholar]

[79] Верховкер Г.М., Бузида Д., Гельхаар Д.К., Рейто П.А., Артурс С., Колсон А.Б., Фрир С.Т., Ларсон В., Лути Б.А., Маррон Т., Роуз П.В. Расшифровка распространенных сбоев при молекулярном докинге лиганд-белковых комплексов. J Comput Aided Mol Des. 2000;14(8):731–751. [PubMed] [Академия Google]

[80] Джейн А.Н. Подсчет нековалентных взаимодействий белок-лиганд: непрерывная дифференцируемая функция, настроенная для вычисления аффинности связывания. J Comput Aided Mol Des. 1996;10(5):427–440. [PubMed] [Google Scholar]

[81] Head RD, Smythe ML, Oprea TI, Waller CL, Green SM, Marshall GR. ПРОВЕРКА: новый метод предсказания связывания новых лигандов на основе рецепторов. Варенье. хим. соц. 1996; 118:3959–3969. [Google Scholar]

[82] Gehlhaar DK, Moerder KE, Zichi D, Sherman CJ, Ogden RC, Freer ST. Дизайн ингибиторов ферментов de novo путем генерации лигандов Монте-Карло. J Med Chem. 1995;38(3):466–472. [PubMed] [Google Scholar]

[83] Элдридж, М. Д., Мюррей К.В., Аутон Т.Р., Паолини Г.В., Ми Р.П. Эмпирические оценочные функции: I. Разработка быстрой эмпирической оценочной функции для оценки аффинности связывания лигандов в рецепторных комплексах. J Comput Aided Mol Des. 1997;11(5):425–445. [PubMed] [Google Scholar]

[84] Muegge I, Martin YC. Общая и быстрая функция оценки взаимодействий белок-лиганд: упрощенный потенциальный подход. J Med Chem. 1999;42(5):791–804. [PubMed] [Google Scholar]

[85] Mitchell JBO, Laskowski RA, Alex A, Thornton JM. Пип-потенциал средней силы, описывающий белок-лигандные взаимодействия: I. генерирующий потенциал. Дж. Вычисл. хим. 1999;20(11):1165–1176. [Google Scholar]

[86] Ищенко А.В., Шахнович Е.И. SMall Molecule Growth 2001 (SMoG2001): улучшенная функция оценки взаимодействия белок-лиганд, основанная на знаниях. J Med Chem. 2002;45(13):2770–2780. [PubMed] [Google Scholar]

[87] Feher M, Deretey E, Roy S. BHB: простая функция оценки, основанная на знаниях, для повышения эффективности проверки базы данных. J Chem Inf Comput Sci. 2003;43(4):1316–1327. [PubMed] [Академия Google]

[88] Верховкер Г., Аппельт К., Фрир С.Т., Виллафранка Ю.Е. Эмпирические расчеты свободной энергии лиганд-белковых кристаллографических комплексов. I. Основанные на знаниях потенциалы взаимодействия лиганд-белок, применяемые для предсказания аффинности связывания протеазы вируса иммунодефицита человека 1. Белок англ. 1995;8(7):677–691. [PubMed] [Google Scholar]

[89] Wallqvist A, Jernigan RL, Covell DG. Параметризация свободной энергии связывания фермента с ингибитором на основе предпочтений. Приложения к дизайну ингибитора протеазы ВИЧ-1. Белковая наука. 1995;4(9):1881–1903. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]

[90] Gohlke H, Hendlich M, Klebe G. Функция оценки, основанная на знаниях, для прогнозирования взаимодействий белок-лиганд. Дж Мол Биол. 2000;295(2):337–356. [PubMed] [Google Scholar]

[91] ДеВитте Р.С., Шахнович Э.И. SMoG: метод проектирования de Novo, основанный на простых, быстрых и точных оценках свободной энергии. 1 Методология и подтверждающие данные. Варенье. хим. соц. 1996; 118:11733–11744. [Google Scholar]

[92] Чарифсон П.С., Коркери Дж.Дж., Мурко М.А., Уолтерс В.П. Консенсусная оценка: метод повышения частоты попаданий из баз данных стыковки трехмерных структур с белками. J Med Chem. 1999;42(25):5100–5109. [PubMed] [Google Scholar]

[93] Feher M. Согласованная оценка взаимодействий белок-лиганд. Наркотиков Дисков сегодня. 2006;11(9-10):421–428. [PubMed] [Google Scholar]

[94] Кларк Р.Д., Стрижев А., Леонард Дж.М., Блейк Дж.Ф., Мэтью Дж.Б. Согласованная оценка взаимодействий лиганд/белок. Графовая модель J-Mol. 2002;20(4):281–295. [PubMed] [Google Scholar]

[95] Сринивасан Дж., Читэм Т.Е., Чиплак П., Коллман П.А., Дело Д.А. Исследования стабильности спиралей ДНК, РНК и фосфорамидат-ДНК с помощью растворителя. Журнал Американского химического общества. 1998;120(37):9401–9409. [Google Scholar]

[96] Коллман П.А., Массова И., Рейес С., Кун Б., Хуо С., Чонг Л. , Ли М., Ли Т., Дуан И., Ван В., Донини О., Чеплак П., Шринивасан Дж., Кейс Д.А. , Cheatham TE., 3rd Расчет структур и свободных энергий сложных молекул: сочетание молекулярной механики и моделей сплошных сред. Acc Chem Res. 2000;33(12):889–897. [PubMed] [Google Scholar]

[97] Still WC, Tempczyk A, Hawley RC, Hendrickson T. Semianalytical Treatment of Solvation for Molecular Mechanics and Dynamics. Варенье. хим. соц. 1990;112(16):6127–6129. [Google Scholar]

[98] Гимарайнш Ч.Р., Матиовец А.М. Устранение ограничений с помощью процедуры оценки MM-GB/SA с использованием метода WaterMap и расчетов возмущения свободной энергии. Модель J Chem Inf. 50 (4): 547–559. [PubMed] [Google Scholar]

[99] Сингх Н., Уоршел А. Расчеты абсолютной свободной энергии связывания: точность вычислительной оценки взаимодействий белок-лиганд. Белки. 2010;78(7):1705–1723. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]

[100] Гэбб Х.А., Джексон Р.М., Штернберг М.Дж. Моделирование стыковки белков с использованием комплементарности формы, электростатики и биохимической информации. Дж Мол Биол. 1997;272(1):106–120. [PubMed] [Google Scholar]

[101] Брон С., Кербош Дж. Алгоритм 457: поиск всех клик неориентированного графа. Коммуникации АКМ. 1973;16(9):575–576. [Google Scholar]

[102] Meng EC, Shoichet BK, Kuntz ID. Автоматическая стыковка с оценкой энергии на основе сети. Дж. Вычисл. хим. 1992; 13: 505–524. [Академия Google]

[103] Zou XQ, Sun Y, Kuntz ID. Включение сольватации в расчеты свободной энергии связывания лиганда с использованием обобщенной модели Борна. Варенье. хим. соц. 1999; 121:8033–8043. [Google Scholar]

[104] Тротт О., Олсон А.Дж. AutoDock Vina: повышение скорости и точности стыковки с помощью новой функции подсчета очков, эффективной оптимизации и многопоточности. J Comput Chem. 2009 [бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]

[105] Bohm HJ. Разработка простой эмпирической оценочной функции для оценки константы связывания комплекса белок-лиганд с известной трехмерной структурой. J Comput Aided Mol Des. 1994;8(3):243–256. [PubMed] [Google Scholar]

[106] Тиг С.Дж. Значение гибкости белков для открытия лекарств. Nat Rev Drug Discov. 2003;2(7):527–541. [PubMed] [Google Scholar]

[107] Gschwend DA, Good AC, Kuntz ID. Молекулярная стыковка на пути к открытию лекарств. Дж Мол Признать. 1996;9(2):175–186. [PubMed] [Google Scholar]

[108] Тотров М., Абагян Р. Стыковка белок-лиганд как проблема оптимизации энергии. В: Раффа РБ, редактор. Термодинамика лекарственного рецептора: введение и экспериментальные приложения. Джон Уайли и сыновья; Нью-Йорк: 2001. стр. 603–624. [Академия Google]

[109] Лич АР. Стыковка лиганда с белками с дискретной гибкостью боковой цепи. Дж Мол Биол. 1994; 235(1):345–356. [PubMed] [Google Scholar]

[110] Desmet J, De Maeyer M, Hazes B, Lasters I. Теорема об исключении тупика и ее использование для позиционирования боковой цепи белка. Природа. 1992; 356: 539–542. [PubMed] [Google Scholar]

[111] Абагян Р., Тотров М. Смещенная вероятность Конформационные поиски Монте-Карло и электростатические расчеты для пептидов и белков. Дж Мол Биол. 1994;235(3):983–1002. [PubMed] [Google Scholar]

[112] Morris GM, Huey R, Lindstrom W, Sanner MF, Belew RK, Goodsell DS, Olson AJ. AutoDock4 и AutoDockTools4: автоматическая стыковка с избирательной гибкостью рецепторов. J Comput Chem. 2009;30(16):2785–2791. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]

[113] Knegtel RM, Kuntz ID, Oshiro CM. Молекулярный докинг к ансамблям белковых структур. Дж Мол Биол. 1997;266(2):424–440. [PubMed] [Google Scholar]

[114] Карлсон Х.А., Масукава К.М., Рубинс К., Бушман Ф.Д., Йоргенсен В.Л., Линс Р.Д., Бриггс Дж.М., Маккаммон Дж.А. Разработка динамической модели фармакофора для интегразы ВИЧ-1. J Med Chem. 2000;43(11):2100–2114. [PubMed] [Академия Google]

[115] Кавасотто К.Н., Абагян Р.А. Гибкость белков в стыковке лигандов и виртуальном скрининге на протеинкиназы. Дж Мол Биол. 2004;337(1):209–225. [PubMed] [Google Scholar]

[116] Дерремо П., Шлик Т. Открытие/закрытие петли ферментом триозофосфатизомеразой. Биофиз Дж. 1998; 74 (1): 72–81. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]

[117] Zeng L, Zhou MM. Бромодомейн: домен, связывающий ацетиллизин. ФЭБС лат. 2002;513(1):124–128. [PubMed] [Академия Google]

[118] Venkitakrishnan RP, Zaborowski E, McElheny D, Benkovic SJ, Dyson HJ, Wright PE. Конформационные изменения петель активного центра дигидрофолатредуктазы во время каталитического цикла. Биохимия. 2004;43(51):16046–16055. [PubMed] [Google Scholar]

[119] Go N, Scheraga HA. Замыкание кольца и локальные конформационные деформации цепных молекул. Макромолекулы. 1970;3(2):178–187. [Google Scholar]

[120] Додд Л.Р., Бун Т.Д., Теодору Д.Н. Алгоритм согласованного вращения для атомистического моделирования методом Монте-Карло расплавов полимеров и стекол. Мол. физ. 1993;78:961–996. [Google Scholar]

[121] Хоффманн Д., Кнапп В. Укладка полипептидов с внерешеточной динамикой Монте-Карло: метод. Евро. Биофиз. Дж. 1996; 111:387–404. [Google Scholar]

[122] Ву М. Г., Дим М.В. Аналитический ребридинг Монте-Карло: применение к цис/транс-изомеризации пролинсодержащих циклических пептидов. Дж. Хим. физ. 1999; 14:6625–6632. [Google Scholar]

[123] Ужин AR. Локальные деформации полимеров с непланарными жесткими внутренними координатами основной цепи. Дж. Комп. хим. 2000; 21:1132–1144. [Академия Google]

[124] Mezei M. Эффективная выборка Монте-Карло для длинных молекулярных цепей с использованием локальных перемещений, проверенная на сольватированном липидном бислое. Дж. Хим. физ. 2003; 118:3874–3879. [Google Scholar]

[125] Cui M, Mezei M, Osman R. Прогнозирование структур белковых петель с использованием подхода Монте-Карло с локальным перемещением и силового поля на основе сетки. Белок Eng Des Sel. 2008;21(12):729–735. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]

[126] Кубиньи Х. Компьютерные приложения в фармацевтических исследованиях и разработках. Джон Уайли; Нью-Йорк: 2006. [Google Scholar] 9.0003

[127] Кремер РТ. Дизайн лекарств на основе структуры: стыковка и оценка. Текущая наука о белках и пептидах. 2007; 8: 312–328. [PubMed] [Google Scholar]

[128] Venhorst J, ter Laak AM, Commandeur JN, Funae Y, Hiroi T, Vermeulen NP. Моделирование гомологии изоформ цитохрома P450 2D (CYP2D) крысы и человека и компьютерная рационализация экспериментальных особенностей связывания лиганда. J Med Chem. 2003;46(1):74–86. [PubMed] [Google Scholar]

[129] Williams PA, Cosme J, Ward A, Angove HC, Matak Vinkovic D, Jhoti H. Кристаллическая структура человеческого цитохрома P450 2C9со связанным варфарином. Природа. 2003; 424 (6947): 464–468. [PubMed] [Google Scholar]

[130] Meng XY, Zheng QC, Zhang HX. Сравнительный анализ сайтов связывания между CYP2C38 и CYP2C39 мыши, основанный на моделировании гомологии, моделировании молекулярной динамики и исследованиях стыковки. Биохим Биофиз Акта. 2009;1794(7):1066–1072. [PubMed] [Google Scholar]

[131] Boehm HJ, Boehringer M, Bur D, Gmuender H, Huber W, Klaus W, Kostrewa D, Kuehne H, Luebbers T, Meunier-Keller N, Mueller F. Новые ингибиторы ДНК-гираза: предвзятый скрининг иглы на основе трехмерной структуры, проверка попадания биофизическими методами и трехмерная управляемая оптимизация. Многообещающая альтернатива случайному скринингу. J Med Chem. 2000;43(14):2664–2674. [PubMed] [Академия Google]

[132] Киртон С.Б., Мюррей К.В., Вердонк М.Л., Тейлор Р.Д. Прогнозирование способов связывания лигандов в цитохромах Р450 и других гемсодержащих белках. Белки. 2005;58(4):836–844. [PubMed] [Google Scholar]

[133] Доман Т.Н., Макговерн С.Л., Уизерби Б.Дж., Кастен Т.П., Курумбайл Р., Сталлингс В.К., Коннолли Д.Т., Шойхет Б.К. Молекулярный докинг и высокопроизводительный скрининг новых ингибиторов протеинтирозинфосфатазы-1B. J Med Chem. 2002;45(11):2213–2221. [PubMed] [Академия Google]

[134] Шойхет Б.К., Лич А.Р., Кунц И.Д. Сольватация лиганда в молекулярном докинге. Белки. 1999;34(1):4–16. [PubMed] [Google Scholar]

[135] Лорбер Д.М., Шойхет Б.К. Гибкая стыковка лигандов с использованием конформационных ансамблей. Белковая наука. 1998;7(4):938–950. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]

[136] Freymann DM, Wenck MA, Engel JC, Feng J, Focia PJ, Eakin AE, Craig SP. Эффективная идентификация ингибиторов, нацеленных на конформацию закрытого активного центра HPRT из Trypanosoma cruzi. хим. биол. 2000;7(12):957–968. [PubMed] [Google Scholar]

[137] Su AI, Lorber DM, Weston GS, Baase WA, Matthews BW, Shoichet BK. Стыковка молекул по семействам для увеличения разнообразия совпадений на экранах базы данных: вычислительная стратегия и экспериментальная оценка. Белки. 2001;42(2):279–293. [PubMed] [Google Scholar]

[138] Gschwend DA, Kuntz ID. Новый взгляд на ориентационную выборку и минимизацию твердого тела в молекулярном докинге: оптимизация на лету и устранение вырождения. J Comput Aided Mol Des. 1996;10(2):123–132. [PubMed] [Google Scholar]

Dock представляет пороговые подписи для безопасных многосторонних транзакций с учетными данными

Пороговые подписи — это тип цифровой подписи, который требует согласия нескольких сторон, а не только одной, на подписываемое сообщение. Это делает их полезными в широком диапазоне приложений, от управления идентификацией до демократического принятия решений.

Пороговые подписи обеспечивают безопасный и децентрализованный способ гарантировать, что несколько сторон должны согласовать решение, прежде чем оно может считаться действительным. Эти стороны часто называют «подписавшимися», и каждая из них владеет частью закрытого ключа, необходимого для создания пороговой подписи.

Децентрализация

Пороговые подписи могут использоваться в децентрализованных системах, где ни одна сторона не имеет полного контроля. Это важно для приложений на основе блокчейна, целью которых является создание ненадежной и децентрализованной системы. В традиционных односторонних схемах подписи (способ гарантировать подлинность и целостность цифрового сообщения или документа) закрытый ключ хранится у одного лица, что делает его единой точкой отказа. Если ключ скомпрометирован, злоумышленник может совершать мошеннические действия и получать доступ к конфиденциальным данным.

Отказоустойчивость

С пороговыми сигнатурами система может продолжать функционировать, даже если некоторые стороны недоступны или скомпрометированы. Это обеспечивает большую отказоустойчивость и гарантирует, что система сможет продолжать работу даже в случае атаки или сбоя.

Без пороговых подписей может оказаться невозможным создание определенных типов децентрализованных систем, таких как те, которые требуют многостороннего одобрения или систем голосования. Это может ограничить возможные варианты использования данной системы.

Распределенные системы управления идентификацией

В традиционных системах управления идентификацией за выдачу учетных данных отвечает один орган. Пороговые подписи могут использоваться в распределенных системах управления идентификацией, чтобы позволить нескольким эмитентам совместно выдавать «заявления» об удостоверении (учетных данных).

Одобрение продукта

В таких отраслях, как фармацевтика, химическая промышленность или производство оборудования, одобрение продукта со стороны регулирующих органов имеет решающее значение. Эти одобрения означают, что продукт был протестирован и соответствует определенным стандартам безопасности и качества. В этом контексте можно использовать пороговые подписи, чтобы гарантировать, что пороговое количество регулирующих органов или инспекторов одобрило продукт, прежде чем он может быть выпущен на рынок. Это вызывает большее доверие у потребителей, которые полагаются на эти разрешения для принятия обоснованных решений в отношении продуктов, которые они используют.

Проверки здоровья и безопасности

В таких отраслях, как производство, строительство или транспорт, проверки здоровья и безопасности имеют решающее значение для обеспечения безопасности рабочих мест и соблюдения правил. Пороговые подписи могут использоваться для обеспечения того, чтобы пороговое число инспекторов должно было подписать инспекцию, прежде чем она будет считаться действительной. Это обеспечило бы большую уверенность в том, что рабочие места безопасны и соответствуют требованиям, при этом потенциально снижая риск несчастных случаев или травм.

Системы петиций

Системы петиций часто используются в демократических процессах принятия решений, когда группа лиц должна коллективно согласовать решение, прежде чем оно может быть принято. Пороговые подписи могут использоваться в системах петиций, чтобы гарантировать, что пороговое число лиц должно подписать решение, прежде чем оно может считаться действительным. Это гарантирует, что решения принимаются на основе консенсуса группы, а не мнения одного человека.

Пороговые подписи работают, разделяя закрытый ключ на несколько частей или «долей» и распределяя эти доли между разными сторонами. Чтобы создать пороговую подпись, пороговое число этих сторон должно собраться вместе и объединить свои доли таким образом, чтобы получить действительную подпись.

Например, предположим, что закрытый ключ разделен на пять частей, а порог установлен на три. Это означает, что любые три из пяти сторон могут собраться вместе и объединить свои доли для создания действительной подписи. Однако, если только две стороны попытаются создать подпись, она будет недействительной и будет отклонена.

В Dock мы внедрили два варианта пороговых подписей (анонимных учетных данных), каждый из которых имеет разные компромиссы. Первый основан на модифицированной версии Coconut, в которой используется другая схема подписи, называемая PS. Второй — пороговый BBS+, пороговый вариант BBS+, наша существующая схема подписи.

Преимущество «модифицированного Coconut» заключается в том, что процесс пороговой подписи очень прост и эффективен и не требует общения между подписывающими сторонами. Подписывающие независимо генерируют свою «долю» подписи и отправляют ее пользователю (держателю учетных данных), а пользователь объединяет доли и генерирует окончательную подпись, которую можно проверить.

Недостатком является то, что нужно написать гораздо больше кода и изменить несколько уровней в нашей системе, чтобы поддерживать создание и проверку презентаций, созданных на основе учетных данных с использованием подписей PS.